Les coronavirus (CoV) sont des virus qui constituent la sous-famille Orthocoronavirinae de la famille Coronaviridae. Le nom « coronavirus », du latin signifiant « virus à couronne », est dû à l’apparence des virions sous un microscope électronique, avec une frange de grandes projections bulbeuses qui ressemblent à la couronne solaire.
Les coronavirus sont munis d’une enveloppe virale ayant un génome à ARN de sens positif et une capside (coque) kilobases, particulièrement grosse pour un virus à ARN. Ils se classent parmi les Nidovirales, puisque tous les virus de cet ordre produisent un jeu imbriqué d’ARNm sous-génomique lors de l’infection. Des protéines en forme de pic, enveloppe, membrane et capside contribuent à la structure d’ensemble de tous les coronavirus. Ces virus à ARN sont monocaténaires et de sens positif (groupe IV de la classification Baltimore). Ils peuvent muter et se recombiner[2].
Les chauves-souris et les oiseaux, en tant que vertébrés volants à sang chaud, sont des hôtes idéaux pour les coronavirus assurant l’évolution et la dissémination du coronavirus[3]. Les coronavirus sont normalement spécifiques à un taxon animal comme hôte, mammifères ou oiseaux selon leur espèce ; mais ces virus peuvent parfois changer d’hôte à la suite d’une mutation. Leur transmission interhumaine se produit principalement par contacts étroits via des gouttelettes respiratoires générées par les éternuements et la toux. Plus de 500 types de coronavirus ont été isolées chez la chauve-souris et il existerait plus de 5 000 types de coronavirus[4].
Sept principaux coronavirus sont généralement cités comme pouvant contaminer l’humain [5]. Un huitième a été identifié : le B814[6] (le premier coronavirus humain identifié), mais cette souche semble ne plus circuler.
Quatre coronavirus en circulation sont considérés comme sans gravité : 229E, NL63, OC43 et HKU1. Ils seraient la cause de 15 à 30 % des rhumes courants.
Plus récemment ont été identifiés trois types de coronavirus responsables de graves pneumopathies :
- le SARS-CoV, agent pathogène du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) en 2002-2004
- le MERS-CoV, celui du syndrome respiratoire du Moyen-Orient à partir de 2012
- le SARS-CoV-2, celui de la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) apparue en Chine en 2019 et responsable d’une sévère pandémie en 2020
